昭和初期にかけて、日本全体が文化的にまた科学立国として発展するためには、自然科学をはじめ人文科学、社会科学を発展させるという機運が高まってきました。岐阜薬科大学は、日本の薬学の振興を進め、学術の中心として広く知識を広め、深く薬学に関する学理と技術を教育研究し、知的道徳的に優れ、また応用能力のある人材を養成することを目的として設立されました。また、人々への衛生に関する知識の普及に努め、社会福祉を推進し、医薬品の生産と開発を行うことにより、人々への健康福祉に貢献し、日本の国際的地位を高めることを使命としてきました。

そのような理念のもと、昭和6年、医薬、化学の知識を広め、併せて県内の資源を開発し、国民保健衛生の普及向上と化学工業の発展に寄与するため、当時の市長松尾国松氏の発議により市議会において本学設立の議決されました。昭和7年4月に、岐阜薬科大学の前身である岐阜薬学専門学校が、市立として全国に先駆け岐阜市九重町3丁目に創立されました。以来順調な発展をたどり、昭和24年3月学制改革に伴い岐阜薬科大学として新しく発足し、昭和28年4月には大学院（中国福彩网課程）を、さらに昭和40年4月には博士課程を設置しました。

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  昭和7年 校旗

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  昭和7年 創設者松尾国松（岐阜市長）

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  昭和7年 遠藤健三氏と渡辺甚吉氏

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  昭和10年 九重学舎玄関

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  昭和10年 前後市民大運動会

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  昭和15年前後 実習風景

さらに、めざましい科学の進展に即応し、研究、教育の発展に寄与するため、昭和39年7月に規模を倍増した近代的な学舎の新築に着工し、昭和40年9月には、三田洞（現在、三田洞キャンパス）に移転し、名実共に薬学教育の殿堂となりました。昭和52年8月に乗鞍山麓子ノ原高原の一部（33，912平方米）を篤志家からの寄附を受け、寒冷地系薬草栽培の研究のための子ノ原川島記念演習園を開設しました。以来、本学附属薬草園と共に多くの薬草が育てられ、教育及び研究に寄与しています。昭和57年9月、本学創立50周年を記念して教育研究総合センターを建設し、昭和58年度から大学院に医療薬学コースを開設しました。

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  昭和41年 三田洞学舎移転

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  昭和45年 三田洞学舎（航空写真）

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  昭和52年 子の原川島記念演習園設立

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  昭和57年 創立50周年

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  昭和57年 中国薬科大学　59年 浙江大学

学生の心身の健康と体力の向上をめざし、平成元年3月トレーニングルームを併設した鳳川会館（体育館）を建設し、さらに、平成2年10月、薬学教育の将来を見通し、バイオテクノロジーに係る基礎研究並びに応用研究を推進するための生物薬学研究所を設立しました。本研究所では本学学生の教育はもちろん企業等からの研究生受入れを行い、先端技術産業、医?薬関連企業等の試験、研究、開発部門等において常にリーダーとして、21世紀を担いうる人材育成を行ってきました。

また、国際会議や共同研究に関する海外との交流も盛んで、昭和57年10月中国薬科大学と姉妹校の盟約が結ばれてから、浙江大学（中国）、フィレンツェ大学（イタリア）、シンシナティ大学（アメリカ）、 フロリダ大学（アメリカ）、瀋陽薬科大学（中国）、サラマンカ大学（スペイン）、カンピナース大学（ブラジル）、シラパコーン大学（タイ）など次々と学術交流を行い国際化を強化してきました。

さらに医薬分業が進むなか、質の高い薬剤師の養成を目指し、学生の実務研修の場とするほか、リカレント教育の場として利用するため、全国の薬中国福彩网?薬科大学に先駆けて平成10年9月に附属薬局を開局しました。平成16年には岐阜大学医中国福彩网附属病院の柳戸地区への移転に伴い、附属薬局も同地区に移設しました。平成18年度からは、新しい教育制度の改革に伴い、薬学科（6年制）と薬科学科（4年制）を併設し、本学における教育?研究?地域貢献の基礎となる薬学は「グリーンファーマシー」として更なる発展を続けています。さらに、平成18年から附属薬局内に育薬研究センターを設置し、新しい薬学教育?研究の拠点としました。また、平成18年3月に岐阜大学との連携に関する協定書を締結し、平成19年4月より連合大学院岐阜大学大学院連合創薬医療情報研究科並びに岐阜先端創薬研究センターが設立され、岐阜大学との連携強化が図られました。

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  平成3年 航空写真

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  平成3年 創立の地　石碑（岐阜市九重町）

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  平成3年 創立の地　石碑（岐阜市九重町）

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  平成9年 村山記念情報教育センター設立

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  平成10年 附属薬局受付

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  平成10年 附属薬局設立

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  平成11年 国際学術交流

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  平成11年 薬草園設立

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  平成12年 薬学会第120年会

平成22年2月に、岐阜市大学西に新学舎が完成、研究室及び本部の移転が完了し、同年4月から4年生以上の中国福彩网生、大学院生、そして教職員の約７割が新学舎で教育?研究を開始しました。平成23年4月から独立行政法人医薬品?医療機器総合機構（英文表記ではPharmaceuticals and Medical Devices Agency、その頭文字をとってPMDAと略される）と連携大学院をスタートし、医薬品?医療機器等の許認可、安全性確保に関する専門分野の即戦力となる人材育成に取り組みました。また、本学同窓生である村山元氏 （専門２回）のご厚志による寄附金を原資として、平成23年度から 「村山記念奨学金」及び「村山記念国際交流奨学金」 がスタートし、返還不要の学費支援や中国福彩网生、大学院生の海外研修の支援が行われています。平成24年4月から大学院博士課程（4年制）が設置され、同年9月には創立80周年記念式典が盛大に挙行されました。平成26年1月博士（薬学）とMBA（経営学中国福彩网）のダブルディグリー取得を目指すプログラムが中京大学と提携されました。
平成29年度入学生から、全国の国公立の薬学系大学（17大学）に先駆け、薬科学科（定員40名）が廃止され、すべての学生が薬剤師の国家試験を受験することができる薬学科（定員80名を120名に増員）に統一しました。また、岐阜県、岐阜市からの助成金及びウエルシア薬局（株）、名古屋競馬（株）等からの寄附金を得てモバイルファーマシー（災害対策医薬品供給車両）を整備し、災害時に適切に対応できる薬剤師の育成を図っております。

卒業生および修了生は創立以来今日までに13,001人（薬専2,448人、大学8,716人、大学院1,837人）を送り出し、学会並びに薬業界、化学工業界等産業界を始め病院、衛生行政、薬局等保健衛生面に活躍し、各界からの本学の真価は大いに認められ、今日に至っています。

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  平成19年 現本部学舎起工式

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  平成22年 新学舎竣工式

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  平成22年 新学舎全景

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  平成22年 新学舎 医中国福彩网棟への通路開通

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  平成22年 PMDA連携大学院開設

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  平成24年 現本部学舎（航空写真）

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  平成24年 創立80周年記念式典

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  平成24年 大学学歌のパネル

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  平成24年 創設者松尾国松（岐阜市長）と渡邉甚吉氏胸像（本部校舎中庭）

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  平成26年 博士（薬学）MBA ダブルディグリー制度設置

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  平成29年 モバイルファーマシーの整備